指纹识别技术发展到现在技术已经比较成熟，其成本也在降低，体积也越来越小，但是在指纹破损严重或者脏的情况下难识别，另外还存在被采集、复制等方面的问题。针对指纹被复制问题，很多生物识别人士认为指纹的复制只是针对某种指纹采集方式所产生的问题，如果是超声波采集等高科技采集方式指纹的复制问题将会迎刃而解，但是相对的指纹采集成本也会成倍地提高。

指纹识别目前主要面临的是普识率的问题。在日常生活中，有一部分人的指纹是无法采集的，这里既有先天遗传的问题，也有诸如后天长时间的劳作或者疾病等原因造成的。“通过我们的调查，这样的比例大概在千分之一到千分之三之间，比预期的比例要大。”这就意味着，在一个需要采集基数很大的应用场所中，不可以采集的指纹数量会非常多，这种因素限制了指纹识别在面向公众的大型系统中的应用。同时，指纹识别作为接触式的识别方式，不太适合医院等场所应用。

因此，指纹识别更多地应用在中小企业的门禁、考勤以及对安防要求较低的身份认证和箱柜锁、电脑手机认证等民用市场，并且随着人们日益对个人生命财产安全与隐私的重视，获得广泛的应用。目前云计算开始进入产品推广阶段，如何保证云计算的数据安全成为人们关注的要点。握奇安全支付与可信计算产品线郭海兵表示，握奇通过将指纹产品Biokey和自身技术结合，实现了终端使用局域网预分配的IP地址接入，服务器部署时不改动局域网拓扑结构及配置信息，远程及移动终端维持IP地址预设应用等要求，为各行业专网和互联网等环境的远程及移动安全接入提供安全认证的应用。

指纹识别技术与更多的产品领域结合，在中高端民用住宅市场获得重视。目前高档小区和楼盘对自身的安全的重视日益看重，融合进指纹识别的对讲产品在人数较少的别墅区、高档楼盘等场所的应用正在不断受到关注。